Under varje nämnd lyder en tjänstemannaförvaltning. Haparanda stads organisation är uppdelad i tre förvaltningar. Varje förvaltning svarar för ett antal sakområden inom den egna nämndens uppdrag. Förvaltningarna har till uppgift att verkställa besluten som kommunens förtroendevalda beslutat om. Vidare skall förvaltningarna ta fram underlag till de förtroendevaldas beslut.

Haparanda stads förvaltningsorganisation består av följande förvaltningar:
Kommunledningsförvaltningen
Barn- och ungdomsförvaltningen
Socialförvaltningen